Geralmente quando você tem um site grande, alguns usuários sem ética começam a copiar tudo e deixar links diretos para os seus arquivos em páginas próprias. Para evitar muitos casos disso, pode-se usar o mod_rewrite.
É só colocar as seguintes linhas dentro da sua configuração principal ou de um domínio virtual (<VirtualHost>):
RewriteEngine on RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^$ RewriteCond %{HTTP_REFERER} !^http://(www\.)?nomedodominio\.com\.br/.*$ [NC] RewriteRule \.(mid|wav|mp3|zip|avi|rm|ram|swf|mpg|wmv|pdf)$ http://www.nomedodominio.com.br/download_negado.php [NC,R,L]
Este exemplo acima fará com que os sites que não estão inclusos no dominio www.nomedodominio.com.br tenham seu acesso negado ao link direto para os arquivos com as extensões: .mid; .wav; .mp3; .zip; .avi; .rm; .ram; .swf; .mpg; .wmv; .pdf. Ou seja, se alguma outra pagina fizer um link direto para um arquivo .mp3 do seu servidor por exemplo, ao invés dele pegar o arquivo .mp3, ele cairá na página http://www.nomedodominio.com.br/download_negado.php, que poderá conter um aviso de que o download direto foi negado.